杨浦孵化基地本部位于本市东北部五角场地区。五角场地区是本市人才、科研、知识密集的汇聚地和制造业高度发达的地区，附近有复旦、同济、二军大、中科院、上科院等100余所高等院校、科研院所，并拥有几十个国家、部、市级重点实验室和博士后流动站，有万余名高级研究人员，每年有一大批科研成果诞生。
杨浦孵化基地坐落在国定路335号，占地面积7122平方米（10.7亩）总建筑面积6579平方米。基地内水、电气、通讯等设施齐全；变压器总容量为500KVA，电压10000V/400V，装有120门容量的程控交换机和直线电话30门。

孵化基地内部服务功能及设施比较齐全，共分三个服务区域：孵化区域、商务办公区域、生活餐饮区域。孵化区域里共有"孵化"用房3641平方米（使用面积）。商务办公区域设有多功能厅、商务厅等，可进行技术、产品的展示、技术交流、学术报告、培训等.另设有中、小型会议室和办公室，该区域内还设置计算机网络、信息咨询，和商务洽谈及区工商、税务等服务机构和设施。计算机网络内联有市科技信息网和INTERNET网，并有专线联结每个孵化企业，同时备有通讯接口。生活餐饮区域设有大餐厅，同时可容纳120人就餐。